Recién iniciado el segundo quinquenio de este Presidente, ocurre un hecho que pudo no tener mayor significación, pero que ante el derecho de patronato, que el Estado de Chile sostenía haber heredado de los antiguos reyes de Castilla, y el carácter inflexible del Arzobispo Valdivieso, tuvo graves consecuencias políticas: Nos referimos al asunto del sacristán.
La expulsión del sacristán de la Catedral por el tesorero, confirmada por el Arzobispo y no aceptada por los Canónigos, dio lugar a éstos a entablar un recurso de fuerza ante la Corte Suprema, la cual les concedió la apelación que les había denegado el Obispo de La Serena.
La Corte Suprema se fundó en la jurisdicción, que el derecho de patronato le otorgaba para revisar ciertas resoluciones de los tribunales eclesiásticos. El Arzobispo Valdivieso fue apercibido con destierro, si no obedecía lo resuelto.
Aunque el asunto del sacristán terminó con el desistimiento que hicieron los Canónicos de su recurso de fuerza, el incidente dejó honda huella en la política chilena: El Partido Conservador se dividió en dos ramas, la doctrinaria o clerical y la laica, que pasó a llamarse nacional o montt-varista, y lo que es más grave, se inició desde entonces la intromisión de la política en los asuntos religiosos que el Partido Conservador Clerical defendía.